Neben dem Kupplungsträger gibt es weitere Varianten, die ein Mitführen von Fahrrädern am Autoheck quer zur Fahrtrichtung ermöglichen. So können Fahrradträger auch an der Hecklappe installiert werden. Ein Großteil dieser Befestigungssysteme wird dabei so hoch montiert, dass sie weder die hinteren Leuchten noch das Nummernschild verdecken. Passiert dies doch, zählen für Heckfahrradträger die gleichen verkehrsrechtlichen Vorschriften wie bei Kupplungsträgern. Häufig können die Halterungen hochgeklappt werden, so dass im nicht beladenen Zustand die Länge des Automobils reduziert werden kann.
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Ein belasteter Heckklappenträger zeichnet sich durch einen höheren Kraftstoffverbrauch aus als ein Kupplungs- oder Dachträger. Zudem wird meist die Sicht erheblich eingeschränkt und es ist kein freier Zugang zum Kofferraum mehr möglich. Dafür haben einige Fahrradträgerhersteller Heckklappenträger im Angebot, die ausdrücklich das Mitführen anderer Objekte ermöglichen bzw. sie bieten dementsprechende Umrüstsysteme wie beispielsweise einen Gepäckbehälter an. Bei gewissen Automobilen können am Heck angebrachte Fahrradträger auch in einem Auszug der Stoßstange befestigt werden. Auf dieser schubladenartigen Fertigung sind dann die Rückleuchten und das Nummerschild montiert.
Bei Heckklappenträgern muss berücksichtigt werden, dass nicht jedes der Systeme für jedes Automobil geeignet ist. Die Montage des Heckklappenträgers benötigt keine weiteren Tragsysteme. Diese Art von Fahrradträger besitzt Haken, welche unmittelbar an dem Karosseriefalz installiert werden. Die untere Seite des Trägers verfügt über Gummiauflagen, welche zur Stützung der Last und zum Schutz gegen Kratzspuren im Lack dienen. An der Seite sind diese Befestigungssysteme meist mit Haltegurten sowie Harken versehen, welche den Träger nicht verrutschen lassen. Die Räder werden beim Heckklappenträger nebeneinander in Schienen gesetzt und anschließend fixiert. Das Aufladen gestaltet sich daher beim diesem Fahrradträgertyps als sehr unkompliziert.